【2026年】江戸川区の二世帯住宅の売却｜売れにくい理由と登記・税金の記事

「親が施設に入り、二世帯住宅の半分が空いている」「親が亡くなったので、二世帯で暮らした家を売りたい」。二世帯住宅は一般的な戸建てより建物が大きく、親子で名義や住宅ローンを分けていることも多いため、売るときに確かめることが増えます。国税庁・法務局・江戸川区などの公表資料（2026年11月6日確認）と区内の取引データをもとに、宅建業者の目線で売り方を整理しました。

この記事で分かること

• タイプ別の買主と、売れにくいといわれる理由
• 江戸川区の中古戸建ての取引価格（2025年度・築年別）
• 登記の持ち方で変わる手続きとローンの確認
• 二世帯住宅の5つの売り方
• 3,000万円控除と、相続時の小規模宅地等の特例の注意点

結論を先にお伝えすると、二世帯住宅を売るときは、最初に「誰が何を持ち、誰が住んでいたか」を整理することが大切です。登記とローンで売り出せる時期が決まり、3,000万円控除などの税金も持ち方しだいで数百万円単位で変わります。

この記事の結論

• 二世帯住宅は買主が限られるため、完全分離型・一部共用型・完全同居型のタイプに合う買主に向けて売り方を選びます。
• 売る前に、登記（単独・共有・区分）と名義人全員の同意、ペアローンなどの残高を確かめます。
• 自宅の3,000万円控除は、共有なら共有者1人につき最高3,000万円、土地は親・建物は子なら条件付きで2人合わせて3,000万円です。
• 区分登記のない二世帯住宅を相続した同居の子が小規模宅地等の特例を使うなら、申告期限まで住み続け、売らずに持ち続けます。
• 江戸川区で2025年度に取引された中古戸建ての半数は4,000万円以下で、大きな二世帯住宅ほど値付けが重要です。

二世帯住宅の3つのタイプと買主｜完全分離型・一部共用型・完全同居型

二世帯住宅は、設備の分け方によって「完全分離型」「一部共用型」「完全同居型」の3つに分かれ、タイプによって主な買主と売り方が変わります。まず、自宅がどのタイプかを確かめましょう。

二世帯住宅とは、親世帯と子世帯が1つの建物で暮らせるように、玄関・台所・浴室などを世帯ごとに設けたり、一部を共用したりした住宅のことです。

※当社作成。

完全分離型は片方を貸したい人にも検討される一方、中で行き来できない間取りは一世帯では使いにくくなります。住戸ごとに「区分登記」されていることもあり（区分所有法1条）、その場合は手続きや税金の扱いが変わります。

二世帯住宅が売れにくいといわれる理由｜江戸川区の戸建ての取引価格

二世帯住宅が売れにくいといわれる主な理由は、二世帯で住みたい買主が少ないうえ、土地と建物が大きいぶん価格が高くなりやすいからです。ほかにも次のような理由があります。

• 設備が二重になる：一世帯で住む買主は、使わない台所や浴室の維持費・撤去費を気にします。
• 似た取引が少ない：比べられる成約例が少なく、査定額が会社によって割れやすくなります。
• 名義やローンが複雑：親子の共有や区分登記、ペアローンなどの整理に時間がかかります。

江戸川区の中古戸建ての半数は4,000万円以下（2025年度）

江戸川区で2025年度に取引された中古戸建て461件の価格の中央値は4,000万円でした。築年別では建物が新しいほど高く、1980年以前の築は1,500万円です。

※出典：国土交通省「不動産情報ライブラリ」の成約価格情報と不動産取引価格情報（2025年4月〜2026年3月、江戸川区の宅地（土地と建物））のうち、用途が住宅または未記載で、延床面積40〜250㎡・土地300㎡以下、2023年以前の築の取引を当社集計（アパート・店舗・事務所などは除く）。価格は土地と建物の合計です。2つの情報は合算しており、同じ取引の重複は除いていません。

二世帯住宅は土地も建物も大きく、同じ築年の戸建てより高くなるぶん、その予算で探す買主は少なくなる、と当社は考えています。新築時の建築費ではなく、土地の価格・建物の状態・近くの取引から値付けするのが基本です（「江戸川区の戸建ての売却相場｜築年数・駅別データと注意点」）。

売る前に登記の持ち方を確認｜単独・共有・区分登記で手続きが変わる

二世帯住宅の登記は「単独名義」「共有名義」「区分登記」に分かれ、どれに当たるかで売るときに必要な人と手続きが変わります。土地と建物で名義が違うことも多いため、それぞれの登記事項証明書で確かめます。

※当社作成。区分登記とは、1棟の建物のうち独立して住まいに使える部分を、それぞれ別の建物（区分建物）として登記することです。

共有名義は全員の同意が必要｜認知症・相続未登記は先に手続き

共有名義の二世帯住宅を1つの物件として売るには、共有者全員がそれぞれの持分を売ることに合意する必要があります。共有名義とは、1つの不動産を複数の人が持分（所有の割合）に応じて持つことです。

• 判断能力が低下した共有者がいる：家庭裁判所に成年後見人を選んでもらい、後見人が本人の住まいを売るときも家庭裁判所の許可が必要です（民法859条の3、「親が認知症で空き家になった実家を売却する方法」）。
• 亡くなった共有者がいる：先に相続登記をします。2024年4月1日から義務になり、相続で取得したことを知った日から3年以内（それより前の相続は2027年3月31日まで）に申請します（「江戸川区の相続登記は売却前に｜法務局江戸川出張所と書類リスト」）。
• 話し合いがまとまらない：自分の持分だけを売ることもできますが、価格は下がりやすくなります（「江戸川区の共有持分の売却｜土地は分けられる？最低敷地面積70㎡と3つの売り方」）。

区分登記は住戸ごとに売れるが、1つにまとめるには条件がある

区分登記なら住戸ごとに売れますが、買主は残りの住戸の所有者と建物や土地を分け合う形になるため、住戸だけを買いたい人は多くありません。

2つの住戸を1つの建物の登記にまとめるには、建物の合併の登記をします（不動産登記法54条1項3号）。所有者や持分が住戸ごとに違う場合や、抵当権など所有権以外の権利の登記がある場合（一部を除く）は合併できないため（同法56条）、親子で住戸の名義が分かれているときは先に名義をそろえます。

ペアローン・親子リレー返済は完済できるかを確かめる

住宅ローンが残っている場合は、決済の日に売却代金で全額を返し、抵当権の抹消と所有権の移転を同時に行うのが一般的です。ペアローンとは、親子や夫婦が1つの住まいについて、それぞれ住宅ローンを組む借り方のことです。

親子リレー返済とは、親が借りた住宅ローンを、連帯債務者になった子などが引き継いで返す方法です（住宅金融支援機構「【フラット35】ご利用条件」2026年4月1日現在）。売却代金と手元資金で完済できない場合は、任意売却なども検討します（「江戸川区で住宅ローンが残ってる家を売る｜手順と決済の流れ」）。

二世帯住宅の5つの売り方｜二世帯のまま・一世帯向け・賃貸併用・土地・買取

二世帯住宅の売り方は、二世帯のまま売る・一世帯向けに改修して売る・賃貸併用として売る・解体して土地で売る・買い取ってもらう、の5つです。築年数が浅いほど建物を生かす売り方が、古いほど土地として評価される売り方が向いています。

※当社作成。

1. 二世帯住宅のまま売る

建物の状態がよい場合は、二世帯で住みたい買主に向けて売ります。広告に「完全分離型」などを明記し、間取り図で玄関・台所・浴室の数を示すと、二世帯住宅を探す人に届きやすくなります。片方の住戸が空いているなら、先にその住戸を片付けて内覧に使うと、もう一方の暮らしを保ちながら売り出せます。

2. 一世帯向けに改修して売る

2つ目の台所を撤去するなど、一世帯で住みやすい間取りに直してから売る方法です。工事費が価格の上がり幅に見合うかを、見積もりと査定を並べて判断します。改修せずに、一世帯向けのプランと見積もりを添えて売り出す方法もあります。

3. 賃貸併用・収益物件として売る

完全分離型なら、片方に住んでもう片方を貸したい人や、両方を貸す投資家に向けて売る方法もあります。ただし、【フラット35】は本人や親族が住む住宅のための融資で、第三者に賃貸する目的の物件には使えません（住宅金融支援機構、2026年4月1日現在）。中古住宅の住宅ローン控除も、床面積の2分の1以上を専ら自分の住まいとして使うことが要件です（国税庁「No.1211-3」令和8年4月1日現在法令等）。

4. 解体して土地として売る

築古や傷みの大きい二世帯住宅は、解体して土地として売るほうが買主を見つけやすいことがあります。登記されている建物を解体したら、1か月以内に滅失登記を申請します（不動産登記法57条）。更地にすると住宅用地の特例が外れ、土地の固定資産税・都市計画税が上がる点も比べます（「江戸川区の土地は古家付きか更地か｜解体の判断と手取り比較」）。

広い敷地を2区画に分けて売る場合、江戸川区では2004年6月24日から対象区域で敷地面積の最低限度（原則70㎡）が定められているため、分けた区画がそれぞれ70㎡以上で、道路に2m以上接することなどが必要です（江戸川区「敷地面積の最低限度の制限」、「江戸川区の最低敷地面積70㎡｜土地を分割して売れる条件と例外」）。

5. 当社が直接買い取る（買取保証付き売却も）

当社が買主になる買取なら仲介手数料はかからず、現況のまま引き渡す日程も決めやすくなります。価格の目安は相場の7〜9割程度で、相続税の納付や住み替えの期限がある、片方の住戸に家財が残っている、といった場合に向いています（「江戸川区の戸建て買取｜価格の決まり方と旗竿地・傾き・浸水歴の家の売り方」、当社の買取）。

まず仲介で買主を探し、決めた期間内に売れなければ約束した価格で当社が買い取る「買取保証付き売却」もお選びいただけます。条件は物件ごとに査定のうえ、書面でご説明します。

税金の注意点｜3,000万円控除は「誰が持ち、誰が住んでいたか」で決まる

二世帯住宅を売ったときの3,000万円特別控除は、共有なら共有者1人につき最高3,000万円ですが、土地と建物の名義が違うと、2人合わせて3,000万円になったり、土地の持ち主が使えなかったりします。

居住用財産の3,000万円特別控除とは、住んでいる家や、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る家などを売ったとき、譲渡所得から最高3,000万円を差し引ける特例のことです（国税庁「No.3302」令和8年4月1日現在法令等）。

共有名義なら共有者ごとに最高3,000万円

国税庁によると、共有のマイホームを売った場合、特例を使えるかは共有者ごとに判定し、特別控除額は共有者1人につき最高3,000万円です（「No.3308」令和8年4月1日現在法令等）。親と子がそれぞれ建物と土地の持分を持って住んでいた二世帯住宅なら、2人とも控除を使える可能性があり、確定申告は1人ずつ行います。

一方、家屋は共有でなく敷地だけを共有している場合、家屋の所有者以外は原則としてこの特例を使えません（同No.3308）。区分登記された二世帯住宅は、住戸ごとに「持ち主がその住戸に住んでいたか」で判定するのが基本です（共有名義の申告は「共有名義の不動産を売却したときにかかる税金と確定申告の書き方」）。

土地は親・建物は子なら「生計を一にして同居」が条件

親の土地に子が二世帯住宅を建てた場合のように家屋と敷地の所有者が違うときは、次の3つすべてに当てはまれば、敷地の所有者も特例を使えます（国税庁「No.3311」令和8年4月1日現在法令等）。

1. 敷地を家屋と同時に売ること
2. 家屋の所有者と敷地の所有者が親族関係にあり、生計を一にしていること
3. 敷地の所有者が、家屋の所有者と一緒にその家屋に住んでいること

この場合の控除額は2人合わせて3,000万円までで、家屋の所有者から先に控除します。生計を一にするとは、日常の生活の資を共にすることです（国税庁「生計を一にする」）。同じ家屋に住む親族は、明らかに互いに独立した生活を営んでいる場合を除いて生計を一にするものとされますが（所得税基本通達2-47）、玄関も台所も分かれ、生活費も別々の完全分離型では、当てはまるかを事前に確かめます。

計算例｜登記の持ち方で税金はこれだけ変わる（仮定）

区分登記のない二世帯住宅を売り、親子2人の譲渡所得の合計が6,000万円（建物部分は0円）になったと仮定し、長期譲渡所得の税率20.315％（所得税・復興特別所得税・住民税の合計）で計算します（実際の事例ではありません）。

持ち方が違うだけで、税金の目安に最大で約1,219万円の差が出ます。家屋と敷地の所有期間がともに10年を超えるなどの要件を満たせば、軽減税率の特例を併用できる場合もあります（国税庁「No.3305」）。売る直前に名義を移すと贈与税がかかることがあるため、今の持ち方を前提に税理士と確かめます。

身内への売却と、新居の住宅ローン控除に注意

親子や夫婦など「特別の関係がある人」に売った場合は、3,000万円控除を使えません（No.3302）。身内に時価より著しく低い価格で売ると、差額が贈与とみなされることもあります（相続税法7条）。

新居で住宅ローン控除を使う場合、新居に住んだ年とその前2年・後3年の計6年間に3,000万円控除などを使っていると、住宅ローン控除は受けられません（No.1211-3、「住み替えの税金｜買換え特例と3,000万円控除の選び方」）。

申告先と、扶養・国民健康保険への影響

確定申告は、申告するときの住所地の税務署に行います。江戸川区内にお住まいなら、住所の町名・丁目によって江戸川北税務署か江戸川南税務署に分かれ、売った家の所在地では決まりません。売却後に引っ越した場合は、引っ越し先の住所地の税務署が提出先です。

特別控除で税金が0円になっても、配偶者控除・扶養控除の判定（2026年分は合計所得金額62万円以下）では特別控除前の譲渡所得を使うため、親世帯が子の扶養に入っている二世帯では、親の持分の売却で扶養から外れることがあります。江戸川区の国民健康保険料の均等割の減額の判定でも特別控除前の金額を使います（「江戸川区の不動産売却の税金｜計算例・3,000万円控除と申告先」）。

相続した二世帯住宅を売るとき｜小規模宅地等の特例と空き家特例

親が亡くなった後に二世帯住宅を売るときは、相続税の小規模宅地等の特例を使うかどうかで、売り出せる時期が変わります。また、子世帯が住んでいた二世帯住宅には、相続した空き家の3,000万円控除は使えません。

小規模宅地等の特例とは、亡くなった方の自宅の土地などを一定の親族が相続したとき、相続税の計算で土地の評価額を330㎡まで80％減らせる制度のことです（国税庁「No.4124」令和8年4月1日現在法令等）。

※国税庁No.4124をもとに当社作成。相続税の申告期限は、相続の開始を知った日の翌日から10か月以内です。

区分登記のない二世帯住宅では、別の世帯に住んでいた子も「亡くなった方が住んでいた一棟の建物に住んでいた親族」に当たりますが、申告期限まで住み続けて土地を持ち続けることが要件で、期限前に売ると特例を使えません。区分登記されている場合、対象の親族は亡くなった方の住戸に住んでいた人に限られます（No.4124の注）。

相続した空き家の3,000万円控除は使えないことが多い

相続した空き家の3,000万円特別控除は、1981年5月31日以前に建てられ、区分所有建物登記がなく、相続の開始の直前に亡くなった方以外が住んでいなかった家が対象です（国税庁「No.3306」令和8年4月1日現在法令等）。子世帯が住んでいた二世帯住宅や区分登記された二世帯住宅、1981年6月以降に建てた二世帯住宅は対象外です。売る期限は相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日まで（かつ2027年12月31日まで）です。

同居していた子が、相続した親の持分も含めて自分の住まいとして売る場合は、居住用財産の3,000万円控除を使える可能性があります。売る時期と合わせて、相続税の申告を頼む税理士に相談しましょう（「江戸川区で相続した家を売却する方法｜流れ・税金・窓口まとめ」）。

親が自宅で亡くなった場合の告知

国土交通省の人の死の告知に関するガイドライン（2021年10月8日）は、自然死や日常生活の中での不慮の死は原則として告げなくてよいとしています。特殊清掃が行われた場合や買主から聞かれた場合などは告げる必要があります。

江戸川区で二世帯住宅を売るときの確認先｜法務局・区役所・税務署と水害

江戸川区の二世帯住宅を売る準備では、登記は法務局、建物の記録は区役所、税金は税務署で確かめ、水害の想定も整理しておきます。

※出典：東京法務局、江戸川区「建築計画概要書の閲覧・写しの交付」（2024年10月18日更新）、東京国税局「東京都江戸川区」（2026年11月時点）。

江戸川区は、大規模水害が予想されるときは区民全員が原則として区外へ広域避難するとしています（江戸川区「水害時の避難はどうする？」2025年7月31日更新）。高齢の親世帯がいる買主は避難の計画も気にするため、重要事項説明で示すハザードマップでの位置を販売前に整理します（「江戸川区のハザードマップと不動産売却｜価格への影響と説明義務」）。

二世帯住宅を売る前の判断フロー

二世帯住宅は、権利・お金・税金の順で確かめてから売り方を決めると、手続きが止まりにくくなります。

1. 登記事項証明書で、単独・共有・区分登記と名義を確かめる
2. 名義人全員に売る意思があるか → 認知症・相続登記の未了・反対があれば先に手続きや話し合い
3. 住宅ローンを売却代金で返せるか → 返せなければ任意売却も含めて検討
4. 相続が関係するか → 同居の子が小規模宅地等の特例を使うなら申告期限後に売る
5. 3,000万円控除を誰がいくら使えるか → 税理士と試算する
6. 建物の状態と立地から、5つの売り方のうち手取りと時期が合うものを選ぶ

江戸川区で二世帯住宅の売却を相談するならセルフリジェネレーション｜瑞江店はGoogleクチコミ★4.9

株式会社セルフリジェネレーション（東京都墨田区押上・江戸川区瑞江に店舗、宅地建物取引業 東京都知事（2）第105830号）は、瑞江店を拠点に江戸川区の不動産の売却と買取をお手伝いしています。Googleクチコミの評価は本店★4.8・瑞江店★4.9です（2026年10月時点、当社サイト表示）。

口コミでは、価格の決め方や進み具合のこまめな報告、売り方ごとのメリット・デメリットを比べた説明を評価いただいています。二世帯住宅は似た取引が少なく値付けが難しいため、根拠を示しながら価格と売り方を一緒に決めます。

「売却に当たり価格の設定や進捗状況の報告等細やかにしていただき安心できました。」（Googleクチコミより一部抜粋）

「相続した家を売るにあたり、様々なケースのメリットデメリットを教えていただき」（Googleクチコミより一部抜粋）

• 墨田区・江戸川区に特化した地域密着：区の制度や水害の想定を踏まえます。
• 業界経験10年以上のスタッフのみが在籍：共有・区分登記・ローンを整理します。
• 顧問弁護士・税理士・FPによる無料相談：控除や相続の特例も相談できます。
• 売却も買取も対応：仲介・買取保証付き売却・直接買取を比べられます。
• LINE・オンライン相談が可能：離れて暮らすご家族も一緒に相談できます。

当社に相談した場合の進め方

1. 登記事項証明書で、名義・共有・区分登記・抵当権を確かめます。
2. 現地で間取りと建物の状態を確かめ、5つの売り方の価格の目安を比べます。
3. 持ち方ごとの税金を、顧問税理士への無料相談も交えて確かめます。
4. 仲介・買取保証付き売却・直接買取から、手取りと時期でお選びいただけます（条件は物件ごとに書面でご説明します）。

瑞江店へのお電話は03-6638-8512です。一戸建ての無料査定や無料相談からもお気軽にどうぞ（当社の不動産売却のサポート）。

江戸川区の二世帯住宅の売却についてよくある質問

江戸川区で二世帯住宅は売れますか？

売れます。二世帯で住みたい家族、片方を貸したい人、広い家を探すファミリーなど、タイプに合う買主に向けて売り方を選ぶことが大切です。築年数が古い場合は、解体して土地として売る方法や不動産会社の買取も比べます。

二世帯住宅は一世帯向けにリフォームしてから売ったほうがいいですか？

工事費が価格の上がり幅に見合う場合に限り、リフォームしてから売るのが向いています。改修せずに、一世帯向けのプランと見積もりを添えて売り出す方法もあります。

親と共有名義の二世帯住宅を売ると、3,000万円控除は2人とも使えますか？

親と子がそれぞれ建物と土地の持分を持ち、それぞれ住んでいた場合は、共有者1人につき最高3,000万円まで使える可能性があります。国税庁は、共有のマイホームの特例は共有者ごとに判定するとしており、確定申告は1人ずつ行います。

土地が親名義、建物が子名義の二世帯住宅を売ると、税金はどうなりますか？

親が子と生計を一にして同じ家屋に住み、土地を建物と同時に売る場合は、2人合わせて3,000万円まで控除できます。生計が別の場合、家屋を持たない親の土地は原則として3,000万円控除の対象になりません。

区分登記された二世帯住宅は、片方の住戸だけ売れますか？

法律上は住戸ごとに売れますが、買主は残りの住戸の所有者と建物や土地を分け合うことになるため、買い手は限られます。2つの住戸を1つの建物の登記にまとめるには、所有者と持分をそろえたうえで建物の合併の登記が必要です。

相続した二世帯住宅は、いつ売るのがよいですか？

区分登記のない二世帯住宅で同居していた子が小規模宅地等の特例を使う場合は、相続税の申告期限（相続の開始を知った日の翌日から10か月以内）まで住み続け、売らずに持ち続ける必要があります。配偶者が相続した場合は、この要件はありません。

まとめ｜二世帯住宅は「誰が持ち、誰が住んでいたか」の整理から

• 二世帯住宅はタイプによって買主が違い、江戸川区の中古戸建ての中央値4,000万円（2025年度）を大きく超えると買主が絞られます。
• 単独・共有・区分登記と名義人全員の同意、ローンの残高を、売り出す前に確かめます。
• 自宅の3,000万円控除は、共有なら1人最高3,000万円、土地と建物の名義が違うと条件付きで2人合わせて3,000万円です。
• 相続した二世帯住宅は、小規模宅地等の特例と空き家特例の要件を確かめてから売る時期を決めます。

江戸川区の不動産売却の全体像は「江戸川区の不動産売却ガイド｜相場・流れ・費用と高く売るコツ」、母屋と離れが別棟で建っている家は「江戸川区の母屋・離れがある家の売却｜分けて売る条件と税金」で解説しています。

この記事の執筆・監修
株式会社セルフリジェネレーション（宅地建物取引業 東京都知事（2）第105830号／公益社団法人 東京都宅地建物取引業協会会員）。墨田区・江戸川区を中心に、業界経験10年以上のスタッフが不動産の売却・購入・買取をサポートしています。
最終更新日：2026年11月6日

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株式会社セルフリジェネレーションは、墨田区・江戸川区を中心に不動産の売却・購入・買取をサポートしている地域密着の不動産会社です。「まずは価格だけ知りたい」「売るか迷っている」という段階でも、お気軽にご相談ください。

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